早在２００多万年前的更新时期，今天的晋中盆地还是一片汪洋，约至中更新世湖盆逐渐干涸，形成了广阔的盆地和残留的片片湖泊。近年来，地理学家已利用现代卫星图像技术证实了湖水退缩后晋中盆地形成的过程。
约在新石器时期，人类开始在这里生活繁衍。原始社会末期，以伊祁氏（又称陶唐氏）为首的氏族部落联盟成为这里的主人。其间该部落曾产生过杰出的联盟首领帝尧。《史记·五帝本纪》等有关文献记载：尧名放勋，姓伊祁氏，号陶唐。因此这一带残留的湖泊被后人称为祁薮、昭余祁等等。如《周礼·职方》：“并州薮曰昭余祁。”《水经注》：“（侯甲水）经祁县故城南，自县连延，西接邬泽，是为祁薮也，即《尔雅》所谓昭余祁矣。”
此外，晋中盆地上还留下了大量的有关尧的史迹。如太原晋源区古唐城、文水县古平陶，也包括昭余祁的所在地祁县等等，这些地名的来源都与伊祁氏部落于兹生活的历史密切相关。
春秋时期，这一带称为“祁”。随着晋国势力不断北扩，“祁”纳入了晋国的疆域，约于前５５７年，这块地方成了公族大夫祁奚的采邑。祁奚，字黄羊，为晋献侯五世孙，因受封于祁故为祁氏。史载前５７０年，任中军尉的祁奚请告老，举荐仇人解狐以接任，将立之而率，后又举荐其子祁午以代，时人称颂为“外举不避仇，内举不避亲”。后世尊之为举才荐贤、大公无私的楷模。
祁在这一时期得到初步开发，其地南起介休市，北至阳曲县；东起寿阳县，西至文水县，几乎包括了整个晋中盆地。由于这里土地平阔，河流纵横，有着较好的发展条件，加之悼、平执政时期晋国推行了一系列减轻人民负担的政策，因此祁地的经济得到较快发展。
到晋顷公时期，六卿逐渐壮大，并积极联合向公室夺权，富饶的祁地自然引起了他们的觊觎。前５１４年，六卿借祁氏家族矛盾，以专杀的罪名捕杀了祁奚之孙祁盈。是年秋，魏献子为政，他把祁氏的采邑分为祁、邬、平陵、梗阳、涂水、马首、盂等７县，封给六卿的支系子孙。其中在今祁县的古县村置祁县，以贾辛为祁大夫，这便是祁县之肇始。
西汉初仍置祁县，属太原郡。汉武帝封李善为祁侯，仍徙治于今祁县的祁城村。王莽时期一度改名示县。北魏太和年间，并州别驾封瓒始将县址迁建于今祁县城。五代末，北汉刘继元为抵抗后周攻势，在今祁县团柏镇置隆州，宋平河东后，州废。金贞佑四年（１２１６年），胥鼎提议：沁州与太原之间１５０公里而无州郡之设，宜于祁县团柏镇置州，拨太谷、祁县隶属之。遂于这年置帻州，以祁县东南有帻山而名，旋废。
应注意的是，金代曾把祁县改名为“祈县”，其目的在于防止与河北西路的祁州相混淆，但因其违背了地名“约定俗成”的原则，所以没有得到群众认可和广泛使用。一些学者不知道这段历史，而以为是笔误，如中华书局点校本《金史·地理志》校勘记中说：“祁，原作‘祈’。按太原府祁县自汉以来皆作‘祁’……今据改。”这一改，改丢了一段历史。
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