秦、汉时期，在“父天、母地”观念的影响下，对“皇天”（伏羲）和“后土”（女娲）的崇拜、祭祀曾经隆盛一时。汉武帝多次到传说中女娲“抟土造人”圣地、山西万荣“汾阴睢”祭祀“后土（皇地祗）圣母”。同时，“文、景”二帝“龙兴潜邸”晋阳太原的“女娲（郎）祠”、“昊天祠”、“台骀庙”等也得到了修复和祭祀。以这些“祖先神庙”和“唐叔虞祠”等为内容的“晋祠”成为传播中华“风教”的文明圣地。
但是，历史的进程总是充满坎坷曲折和灾难风雨：“三国”时期，一直睽睨中原文明的匈奴、鲜卑、羯、氐、羌等游牧部族，趁着魏、蜀、吴逐鹿中原的时机，纷纷进入北方山西，由“塞外虏”成功地变为“并州胡”。接着，“群胡杂居”的西晋发生了数十年之久的“八王之乱”，山西陷入“寇贼纵横，路道断塞，府寺焚毁，邑野萧条”的长期危乱之中，造成百姓人口的大量逃离、死亡。西汉时，太原民户“十六万九千八百六十三”，到刘琨担任“并州刺史”的晋惠帝·光熙元年（306），“并州余户不满两万”，减少到西汉人口的八分之一。“永嘉之乱”时，温峤、郭璞、王导、王敦等“山右”士家大族纷纷迁徙江东，侨居南土，晋阳太原的文化精英大量流失，北魏灭亡后，“并州为戎马之场”又是一百余年，进一步陷入“五胡乱华”的深重灾难当中。百姓流离、汉民灭绝，祠庙荒废，植根于晋阳大地的中华文明大树，遭到血雨腥风的空前浩劫，几乎濒于凋零、灭绝。
在此期间，北魏孝文帝、后赵石勒、石虎，北齐高洋、高欢等人为“标新立异”而大肆崇佛，外来宗教“佛教”趁虚而入，他们在太原开拓龙山、天龙山等佛教石窟。北齐高欢在“天龙山”修建“避暑宫”，其子高洋又在晋阳兴建崇福寺、天龙寺、童子寺，把东魏兴建的“大庄严寺”扩建、赐额为“开化寺”，在蒙山开凿200多尺高的摩崖大佛；后主高纬（565至576在位）“复于晋阳起十二院，壮丽逾邺下”。“晋阳十二院”位于晋源城西“乱石滩”一带，名称分别是：大兰若寺、童子下寺、骆王下寺、大义兴寺、疑定寺、法仁寺、佛授记寺、弘施寺、平等寺、十力寺、大云义寺等。当时晋阳太原的佛教盛况可见一斑。除了新建寺宇，佛教还全面进占晋阳旧有的道教祖先神庙：把多处女娲巡游遗迹“圣母祠”改为“观音寺”；把风峪沟“龙泉”所在的“上昊行宫”改名为“太山寺”；把女娲巡游栖身的“风神洞”改为“风洞大峨典寺”，在洞内建造佛像，成为存放佛教《大华严经》经幢的所在。
在异族全面入侵、社会动乱不止的情况下，晋阳百姓为了逃避兵役、徭役，寻求心灵庇佑，纷纷皈依佛门，朝拜“佛祖”释迦牟尼和“观世音圣母”，晋阳太原“祖先崇拜”文化记忆遂被“印度佛祖”取而代之。从魏武帝·太康元年（281）起，至隋文帝·开皇元年（589）止，晋阳太原的文化“断层”、“失忆”长达300多年、十几代人之久。
隋、唐时期，晋阳太原的“祖先崇拜”文化记忆已经“气若游丝”。唐太宗《晋祠铭》中既有“夫兴邦建国，资懿亲以作辅；分圭锡社，实懋德之修居。非亲无以隆基，非德无以启化……虽地尽三分，而余风未泯，世移千祀，而遗烈犹存……”等句，隐指邑姜之子、晋国始祖唐叔分封太原；后面又有“……正当竭雨水之金，勒芳芳猷于不朽；尽荆山之玉，镌美德于无穷。召彼雨师，弘兹惠泽；命斯风伯，扬此青尘。使地祗仰德于金门，山林受化于玄阙……”若隐若现地歌颂“地祗”普降甘霖的巨大恩德。而所谓“地祗”则是被喻为“大地之神”的“（女）娲皇后土圣母”。由此可以看出：经过“魏晋南北朝”300多年的民族灾难，人们对晋祠
“圣母”的认识已经陷入“若存若亡；如显如晦”的朦胧、失忆状态。对后来“圣母”身份的混乱、错位产生了不可忽视的影响。
唐朝几百年间一直存在崇尚道教的风气，不过，这种崇拜却朝着“神秘化”、“虚空化”的方向发展。担任过“潞州别驾”的唐明皇李隆基在《过晋阳宫》诗中有“并邑龙斯跃，城池凤翔余”的诗句；唐室重臣张九龄《奉和圣制幸晋阳宫》诗也有“唐风思何深，舜典敷更宽”的感叹，这都说明在他们的脑海中，对“晋祠圣母”的面目，还留存着恍惚、朦胧的印象。但是，唐朝更是大力“佛教”的时代：武则天、唐中宗时，佛教寺院“度人不休，免租庸（赋税）者数十万”；唐玄宗整顿寺院后，全国寺院仍有5358所，僧尼共有13万多人。唐文宗、武宗时，“天下僧尼，不可胜数”，“寺宇招提，莫知纪极”。一皈依佛教，便可以“顿悟成佛”，免除徭役赋税，平民百姓又何乐而不为？在这种情况下，太原百姓对晋祠“圣母”的记忆也就渐行渐远、日益模糊。
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