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中央关于国民经济和社会发展“十二五”规划建议提出，要根据资源环境承载能力和发展潜力实施主体功能区战略，山西省国民经济和社会发展“十二五”规划纲要也明确提出了实施主体功能区规划。按照形成主体功能区的要求，山西将国土空间划分为重点开发、限制开发的农业地区、限制开发的生态地区和禁止开发区域四种类型。按照不同类型区域的不同功能定位和要求，调整和完善空间开发结构，优化产业空间、城市空间、生态空间布局，努力形成区域分工合理、区际良性互动、基本公共服务均等化的区域协调发展新格局，是山西构建转型跨越发展的战略基础。
按照形成主体功能区的要求，限制开发的农业地区和生态地区是山西的重点生态功能区和生态环境脆弱区，要限制大规模、高强度的工业化、城镇化开发，鼓励发展以林果业为主导的特色农业、林业。对依法设立的各级各类自然文化资源保护区、重要水源地和其他需要特殊保护的区域，要禁止开发。由于限制和禁止开发区其定位具有生态保护和生态修复功能，同时也是发展相对落后的地区，经济开发的意愿会更加强烈，主体功能区划会产生区域间的利益失衡。因此，需要一整套保障区域协调发展的制度安排，其中生态补偿机制则是其中最重要的一项内容。
按照区域间“生态”和“生产”功能上的分工思路，限制开发区域是关系全国或全省较大范围生态安全的区域，要逐步成为全国或全省的重要生态功能区；而禁止开发区域是指依法设立的各类自然保护区，其原本就是重要的生态功能区，今后更要实行强制性保护，控制人为因素对自然生态的干扰，强化其生态服务功能。确定区域生态补偿的责任机制
确定主体功能区生态补偿的责任机制，就是明确“谁补偿给谁”。依据区域生态补偿理论，按照谁保护、谁建设和谁受损接受补偿，谁使用和谁受益支付补偿的原则，确定其补偿责任机制。据此思路，接受补偿的当然是限制和禁止开发区域，这是毋庸置疑的。但究竟由谁来提供补偿，是同级重点开发区域，还是中央政府和省级政府，涉及多重利益主体的复杂关系。一是规划制定者的补偿责任。目前，主体功能区规划是从国家和省级两个层面上制定的，在山西境内，区划的国家级限制、禁止开发区，其受益主体主要是中央政府，应主要由其承担补偿责任，山西省一级区划的限制和禁止开发区，受益者主要是省级政府，则应当由省级政府承担生态补偿责任；二是受益者还包括同级政府。限制和禁止开发区提供的生态服务功能，受益者不仅有上级政府（中央政府和省级政府），还包括重点开发区的同级政府，即考虑到生态环境建设的溢出效应，受益的同级地区也应承担一部分补偿资金。也就是说，对于“公共物品”特性较强的生态服务功能，应该由上级政府承担责任；而那些作用范围非常明确的生态服务功能，就应当由受益方向受损方提出补偿。如流域内的重点开发区向限制和禁止开发区提出补偿。区域补偿的领域和方式
对于限制和禁止开发区的生态补偿，应当补偿哪些方面，采取何种补偿方式，是区域生态补偿的又一重点内容。一是补偿公共服务。实现区域间“基本公共服务均等化”是主体功能区规划的重要目标。限制和禁止开发区域因提供生态服务功能，导致政府财政收入减少，提供公共服务能力减弱，因此应得到相应的补偿。补偿的方式可采取纵向（上级政府）和横向（同级政府）的财政转移支付，也可采取上级政府的专项转移支付和同级重点开发区域投资基础设施建设；二是补偿经济社会发展。限制开发并不是限制其发展，并且限制开发区域又是经济落后区域，其经济社会发展又具有迫切意义，因此应当对其损失的“发展权利”给予补偿。在补偿方式上，可以通过上级政府制定制度来实现。如“产品生态标记”、“水权”、“污染权”和“碳汇”的区域交易制度。可通过同级重点开发区政府的生态经济援助形式帮助其发展，从而实现生态补偿。区域生态补偿标准的确定
生态补偿标准的确定是生态补偿机制的难点，而主体功能区的生态补偿又是一个多层次的体系，使这一问题更加复杂。在完全竞争的市场条件下，若区域生态服务功能有价并可进行自由市场交换，这时，只要考察和计算提供区域生态服务功能的边际成本与边际收益状况，根据边际收益等于边际成本那一点，就能确定区域生态补偿的标准。一般来讲，区域生态服务的边际成本计算相对容易，而区域生态服务的边际收益是最不容易计算的，不仅涉及的内容复杂，而且没有公认的核算方法，因而其边际收益和边际成本曲线很难确定，故而要想得出一个准确的均衡点只存在理论上的可能性。因此，为了使区域生态补偿标准在实践中具有可操作性，可采取以下办法来确定：一是实现基本公共服务的均等化。无论是纵向的或是横向的财政转移支付，以实现区域政府间人均财政支出的均等化为标准。上级政府可以计算出一个平均合理的标准，这个标准既包括全国性的标准，也包括省级的区域性标准，限制和禁止开发区的差额部分由补偿主体补齐。二是居民人均可支配收入水平大致相当。对于限制和禁止开发区经济社会发展方面的补偿，主要是补偿其发展权利的损失，而居民收入水平则是最适宜的衡量标准。无论是上级政府的区域政策扶持，还是同级政府的生态经济援助，其标准都是难以直接量化的。因此，通过生态补偿，使限制和禁止开发区居民同其它区域享有大致相当的可支配收入水平，可以成为补偿的标准。三是生态服务的市场价格。对于区域外部性作用效益界定明确的，如区域之间的“水权”、“排污权”、“碳汇”交易等，即便是不完全的“市场交易”，其交易过程也就是生态补偿的过程，而成交的价格就是补偿标准。
要完善主体功能区生态补偿机制，就要将区域补偿政策和补偿手段制度化、法制化。一是加快对主体功能区的立法，明确其在国家规划体系、区域管理体系中的地位，加快财政转移支付制度的完善，对限制、禁止开发区域的生态补偿纳入财力性转移支付；将生态补偿列为政府财政支出的一项科目，将资金使用纳入预算管理，并接受各级“人大”的监督。二是完善流域生态补偿方面的法律、法规建设，改变当前水资源管理中的“条（流域管理机制）块（地方水资源管理机构）冲突”的现象。三是对于区域交易、区域援助等补偿安排，可先以局部“试点”的形式积累经验，而后通过“行政规范—管理条例—法规”的流程，逐步形成制度化、法制化的补偿机制。
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