1939年，中国的抗日战争进入战略相持阶段。在长期抗战的困难面前，一些人对抗战前途发生了动摇。汪精卫投敌在前，国民党五届五中全会在后，阴谋牺牲中国的远东慕尼黑也一直在酝酿。一时间，对外妥协、对内积极反共的乌云笼罩了全国。新年伊始，阎锡山就在吉县五龙宫召开部分晋绥高级军官会议，要求陈长捷、王靖国等旧军将领实行强民政治。这表明阎锡山这一时期政策的改变，与一些人对日妥协动摇的想法趋于一致；而国民党所确立的反共政策，又加速了阎锡山在山西的反共。
阎锡山于1939年3月25日至4月22日在秋林镇召开了师长及独立旅长以上军官、各区专员及保安司令以上行政区干部、公道团主要领导干部、牺盟会各中心区及部分县特派员等参加的军政民高级干部会议。以薄一波为首的牺盟会、决死队的主要领导干部都参加了，旧派的主要领导人也都参加了。会议的中心内容就是一条：取消新军政治委员制度，文官不能兼任军职。从秋林回到太岳后，薄一波立即向北方局汇报了秋林会议的情况和研究的对策，北方局完全同意他们对形势的分析和布置。1939年8月6日，北方局专门发出《制止阎锡山之动摇与巩固山西统战的指示》。9月21日中共中央发出《关于在山西开展反逆流斗争的指示》，接着中央又用山西省委名义发出了《关于坚持山西抗战克服危险倾向的宣言》。
秋林会议以后，阎锡山一直在准备力量，观察形势，等待解决新军和一切进步力量的时机。阎锡山原以为在“晋绥军中，以我的地位为最高，就作官说，我要舒服，谁也不能阻挡我”，事变前，他与梁化之估计，经过这么长时间的部署，除了薄一波领导的决死一纵队共产党力量强大，不易得手外，其余的三个纵队他们都可以控制，只要他一下命令，他的“扫荡晋西南，掌握晋西北，摩擦晋东南”的行动总方针就可以大功告成。但是，他低估了以薄一波为首的共产党人的力量。在事变前薄一波的周密部署，已经尽可能地做到了防患于未然。事变中，薄一波发电要求所有新军部队，必须明确表态站在二纵队一边，予以支持。一纵队也动员了三个主力团，准备前去支援。各部队和牺盟会的领导人，也纷纷致电阎锡山，抗议王靖国、陈长捷、赵承绶、孙楚挑起的反革命事件。与此同时，八路军大力协助新军。因而，事变的结果远不像阎锡山计划的那样美妙。
事变以后，中共中央审时度势，科学地分析当时的形势，既看到了阎锡山在坚持华北抗战中还有一定的进步性和重要性，又看到了蒋介石要搞掉阎锡山孤立共产党的企图，等等，因而提出了调停的建议。中央指示薄一波等人，在痛斥阎锡山的部下进攻新军、破坏牺盟会，残杀抗日人员的罪行以后，要表示愿意和平解决山西内部问题，并愿意在阎锡山领导下继续团结抗日，以免被敌人利用。事变中，新军除了三纵队有4个团，二纵队有极小部分分离出来外，其余33个团全部离开阎锡山。阎的部队虽然扫荡了晋西南，却在晋西北遭到彻底失败，晋东南也让国民党的中央军乘机插足进来。他的地盘损失了四分之三。
与此同时，中共中央也采取措施，敦促阎锡山和平处理事变。1940年1月27日，中共中央以陕甘宁边区留守兵团主任萧劲光的名义致电阎锡山，表示愿意调解新旧军冲突，使山西恢复团结抗战局面。2月11日，毛泽东又亲笔起草了致阎锡山电文，指示用薄一波的名义发出。此电不提任何条件，只提两军团结，使阎及旧军好转弯。待萧劲光去谈判时，再与阎磋商条件。
以薄一波名义的电文发出后，给了阎锡山一个挽回面子的机会。于是，阎复电中共中央，表示不拒绝谈判。2月25日，萧劲光、王若飞持毛泽东给阎锡山的亲笔信到秋林见阎。萧劲光、王若飞向阎及各方转达中共中央及八路军赞成新旧军团结，拥阎抗日，赞成新军仍属晋绥军，不受国民党中央政府改编，巩固阎之地位的意见。阎锡山及王靖国、薄右丞等表示欢迎。在融洽气氛中，萧劲光、王若飞向阎提出了和平解决办法。阎锡山公开说，他是国共两党之间的中间力量，他的存在是于团结有利的。阎锡山答应我党提出的恢复晋西兵站线的条件，但不同意沿线驻兵。
随后，双方代表又经过谈判，终于在4月初正式达成协议。晋西事变的斗争至此告一段落。此后，薄一波有一段时间依然在山西进行创建抗日根据地的工作。
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